Естественнонаучный профиль ориентирован на такие сферы деятельности как медицина, биотехнологии и др.
Предметы, изучаемые на углубленном уровне: химия, биология (включая экологию).
В лицее с 2019 учебного года осуществляеься выбор ИНДИВИДУАЛЬНОГО УЧЕБНОГО ПЛАНА учениками 10-11 классов. Произошел частичный переход от классно-урочной системы к предметно-урочной. Классы, с институтом классного руководства, остаются "классами" в рамках изучения таких предметов, как русский язык, литература, история, ОРБЖ, астрономия и физическая культура. По остальным предметам - метематике, физике, информатике, иностранному языку, химии, биологии, обществознанию, праву, экономике, экологии - группы набираются из учеников разных классов, в зависимости от их желания изучить ту или иную степень предмета.
По химии и биологии ученикам естественно-научного профиля предлагается по 8 часов в неделю каждого из предметов.
По математике лицей предлагает 4 уровня изучения предмета - базовый (5 часов в неделю) и три профильных - профиль 1 уровня (7 часов в неделю, 4 часа алгебры и 3 часа геометрии), профиль 2 уровня (6 часов алгебры и начала математического анализа и 3 часа геометрии), профиль 3 уровня (2 часа лекции по математическому анализу, 3 часа алгебры, 3 часа математического анализа и 3 часа геометрии).
По физике предлагаются 3 уровня изучения предмета - базовый (3 часа в неделю) и два профильных (5 и 7 часов в неделю).
Также для учащихся, выбравших естественно-научный профиль возможен выбор предмета "Экология" (2 час в неделю) и элективного курса "Психология" (2 час в неделю).
Расписание составляется таким образом, чтобы у учеников была возможность свободно осуществлять выборт из всех вышеперечисленных вариантов.